原生动物学分会成立于1981年5月，挂靠单位为中国科学院水生生物研究所。原生动物学分会一直致力于推动中国原生动物学的学科发展，并在科学技术普及和科技下乡等方面作了大量工作。目前会员人数已由建会之初的119人发展到500余人，其中研究员、教授占10%，副研究员、副教授、高级工程师占15%。形成了几乎涵盖所有原生生物学分支领域的研究队伍，并在纤毛虫原生动物细胞学、分类学、功能基因组学.、致病原虫分子生物学、流行病学等方面形成了具有国际影响力的优势团队。

    学会每两年召开一次全国性学术讨论会，至今已召开过16次（见附表1)；每四年召开一次会员代表大会并选举产生新一届理事会，现已召开过八次会员代表大会并组成了八届理事会。

    学会在20多年的探索、交流过程中，组织相关专家编写了多部论著。其中寄托了我国原生动物学界几代学人的希望、凝聚了25位专家心血的《原生动物学》于1999年由科学出版社出版。此外，自学会成立以来，多份专著或译著：《拉汉原生动物名称》（1986）、《原生动物生物化学》（1990）、《原生动物学实验技术》（1991）、《原生动物学概论》（1991）、《原生动物学专论》（1999）、《海水养殖中的危害性原生动物》（2003）、《中国黄渤海的自由生纤毛虫》（2009）和中译本《原生生物学》（2007）(自Hausmann et al., 2003)等也先后出版。

    学会非常重视国际学术交流，组织会员参加了1981年以来的历届国际原生动物学大会（ICOP），并于2005年（广州）成功主办了第12届国际原生动物学大会；另外学会分别于1986年（上海）、1997年（深圳）和2006年（武汉）成功主办了第2、5、7届亚洲纤毛虫生物学会议（Asian Conference of Ciliates Biology）。

    同时学会还与国际原生生物学家协会(International Society of Protistologists，ISOP)等多个国际相关组织保持着密切联系。我国原生动物学家们的工作得到了国际学术界的认同和赞许。国际原生生物学家协会还先后授予张作人、倪达书、沈韫芬等为名誉会员称号。学会会员中先后多人次获得国际原生生物学家学会颁发的“The John O. Corliss Award”、“Ciliate Cravat Award”等国际奖励；2011年，学会副理事长宋微波教授当选为ISOP五人组成的大执委（Executive Committee Members at Large）。目前，本学会中ISOP个人会员已达30余人。